{"id":17588,"date":"2026-02-05T13:47:04","date_gmt":"2026-02-05T12:47:04","guid":{"rendered":"https:\/\/hifmb.de\/institut\/coral-stag-database\/"},"modified":"2026-03-10T12:36:38","modified_gmt":"2026-03-10T11:36:38","slug":"coral-stag-database","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/hifmb.de\/de\/forschung\/infrastruktur\/coral-stag-database\/","title":{"rendered":"Coral STAG Database"},"content":{"rendered":"\n<p>STAGdb ist ein standardisierter, hochaufl\u00f6sender SNP-Genotypisierungsarray und Analyse-Workflow zur Identifizierung klonaler Genotypen (Genets) in der Korallengattung Acropora und ihren Dinoflagellaten-Symbionten. Der Array genotypisiert gleichzeitig Korallenwirte und Symbionten unter Verwendung bi-allelischer SNP-Marker, die von karibischen Acropora-Arten und ihrem dominanten Symbionten Symbiodinium \u201efitti\u201c abgeleitet wurden. Er erm\u00f6glicht die Unterscheidung von Wirtspopulationen und die Bestimmung der hybriden Abstammung (manchmal auch als \u201eA. prolifera\u201c bezeichnet). Eine Untergruppe von Markern erm\u00f6glicht auch die Genotypisierung von pazifischen Acropora und den Nachweis anderer Symbionten auf Gattungsebene. STAG wird in einer ma\u00dfgeschneiderten Galaxy-Plattform implementiert und bietet eine standardisierte Datenbank mit zuvor identifizierten Wirtsgenetten und einen Workflow f\u00fcr die konsistente Genettidentifizierung, die Wiederherstellungsplanung und nachgelagerte Genomanalysen.<\/p>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-theme-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-columns is-layout-flex wp-container-core-columns-is-layout-9d6595d7 wp-block-columns-is-layout-flex\">\n<div class=\"wp-block-column is-layout-flow wp-block-column-is-layout-flow\" style=\"flex-basis:33.33%\">\n<figure class=\"wp-block-image size-full is-lightbox\"><a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-020-69101-z\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" width=\"586\" height=\"819\" src=\"https:\/\/hifmb.de\/wp-content\/uploads\/2026\/02\/nature_STAGdb_Baums.png\" alt=\"\" class=\"wp-image-17473\" srcset=\"https:\/\/hifmb.de\/wp-content\/uploads\/2026\/02\/nature_STAGdb_Baums.png 586w, https:\/\/hifmb.de\/wp-content\/uploads\/2026\/02\/nature_STAGdb_Baums-244x341.png 244w\" sizes=\"auto, (max-width: 586px) 100vw, 586px\" \/><\/a><\/figure>\n<\/div>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-column is-layout-flow wp-block-column-is-layout-flow\" style=\"flex-basis:66.66%\">\n<p><a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-020-69101-z\" type=\"link\" id=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-020-69101-z\">Dieser Artikel in Scientific Reports<\/a> beschreibt das Tool und die Datenbank.<\/p>\n\n\n\n<p>Eine GitHub-Seite zur Verfolgung von Benutzerproblemen finden Sie <a href=\"https:\/\/github.com\/TheBaumsLab\/stagdb\" type=\"link\" id=\"https:\/\/github.com\/TheBaumsLab\/stagdb\">hier.<\/a><\/p>\n\n\n\n<p>Benutzer k\u00f6nnen sich nach der Registrierung f\u00fcr ein STAG DB Galaxy-Konto bei einem Listserv anmelden, um Updates zu erhalten.<\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/baumslab.org\/documents\/SNPChip\/STAG_Metadata_Template_v3.xlsm\">Metadatenformular herunterladen (f\u00fcr die Ausf\u00fchrung des Workflows erforderlich)<\/a><\/p>\n\n\n\n<div class=\"wp-block-buttons is-layout-flex wp-block-buttons-is-layout-flex\">\n<div class=\"wp-block-button\"><a class=\"wp-block-button__link wp-element-button\" href=\"http:\/\/coralsnp.uol.de\/\">Hier geht es zum Galaxy CoralSNP-Environment<\/a><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>STAGdb ist ein standardisierter, hochaufl\u00f6sender SNP-Genotypisierungsarray und Analyse-Workflow zur Identifizierung klonaler Genotypen (Genets) in der Korallengattung Acropora und ihren Dinoflagellaten-Symbionten. 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