STAGdb ist ein standardisierter, hochauflösender SNP-Genotypisierungsarray und Analyse-Workflow zur Identifizierung klonaler Genotypen (Genets) in der Korallengattung Acropora und ihren Dinoflagellaten-Symbionten. Der Array genotypisiert gleichzeitig Korallenwirte und Symbionten unter Verwendung bi-allelischer SNP-Marker, die von karibischen Acropora-Arten und ihrem dominanten Symbionten Symbiodinium „fitti“ abgeleitet wurden. Er ermöglicht die Unterscheidung von Wirtspopulationen und die Bestimmung der hybriden Abstammung (manchmal auch als „A. prolifera“ bezeichnet). Eine Untergruppe von Markern ermöglicht auch die Genotypisierung von pazifischen Acropora und den Nachweis anderer Symbionten auf Gattungsebene. STAG wird in einer maßgeschneiderten Galaxy-Plattform implementiert und bietet eine standardisierte Datenbank mit zuvor identifizierten Wirtsgenetten und einen Workflow für die konsistente Genettidentifizierung, die Wiederherstellungsplanung und nachgelagerte Genomanalysen.
Dieser Artikel in Scientific Reports beschreibt das Tool und die Datenbank.
Eine GitHub-Seite zur Verfolgung von Benutzerproblemen finden Sie hier.
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